①有机质含量：有机肥（≥45%）和生物有机肥（≥40%）对有机质的含量做了明确的规定，微生物菌剂则没有规定。
②有效活菌数：生物有机肥（2000万个/克）和微生物菌剂对有效活菌数做了明确规定，微生物菌剂的数量要求更高，而有机肥因为生产过程中没有特别要求添加功能微生物，故没有要求。
③有效期：生物有机肥和微生物菌剂规定了明确的有效期，主要原因是产品中添加的功能微生物具有特定的有效时间，如果微生物失活，将不具备或降低相应产品具有的功能和效果。
它们共同点就是：一般都做底肥施用最适宜！
三种肥料的主要功能侧重点不一样！
①有机肥侧重增加土壤有机质，改善土壤肥力；
②微生物菌剂侧重的是微生物，本身并不具备或者具备少量氮磷钾成分，且主要用于作为微生物的载体，主要通过依靠微生物的生理代谢活动，促进土壤中有机肥、化肥、矿物质养分的释放，微生物的次生代谢物含有较多的氨基酸、激素类等物质，可以有效地改善作物的品质，提高作物的抗性，同时还可以抑制土壤中有害菌的滋生，调节土壤理化性质。
③生物有机肥是兼具微生物肥料和有机肥效应的产品，既含有功能微生物，也含有一定量的有机质及营养物质。
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